5479 sayılı Kanunla 01/01/2006 tarihinden itibaren geçerli olmak üzere, Gelir Vergisi Kanununun “Ticari ve Zirai Kazançlarda Yatırım İndirimi İstisnası” başlıklı 19. maddesi yürürlükten kaldırılmış olup, geçiş dönemi uygulamaları bu Kanuna eklenen Geçici 69. madde ile düzenlenmiştir. Buna göre;

- Önceki yıllarda kazancın yetersiz olması nedeniyle 01/01/2006 tarihinden önce indirilemeyen istisna tutarları,

- GVK’nın 4842 sayılı Kanunla yürürlükten kaldırılmadan önceki Ek 1 – 6. maddeleri çerçevesinde başlanılan yatırımlarda, 24/04/2003 tarihinden önce yapılan müracaatlara istinaden düzenlenen yatırım teşvik belgeleri kapsamında 01/01/2006 tarihinden sonra yapılacak yatırım harcamaları dolayısıyla hesaplanacak istisna tutarları,

- GVK mülga 19. maddesi kapsamında 01/01/2006 tarihinden önce başlanılan yatırımlarla iktisadi ve teknik açıdan bütünlük arz etmek şartıyla bu tarihten sonra yapılacak yatırım harcamaları dolayısıyla hesaplanacak istisna tutarları, yatırım indirimi istisnası olarak indirimi konusu yapılabilecektir.

(GVK Md.19; GVK Geçici madde 61; GVK Geçici madde 65; GVK Geçici madde 69; GVGT 276,  GV Sirküleri/1; GV Sirküleri/22; GV Sirküleri/23, GV Sirküleri/32)